火山图
火山图用 log2 倍数变化表示横轴，用 p 值显著性表示纵轴。
先准备一张能直接映射的数据表
数据表需要包含一列 log2FC，以及一列 p-value 或 adjusted p-value。
示例数据表为 volcano_demo_data，共 50 行、6 列。当前映射 3 列：log2FC、p_value 和 gene 标签列。
| gene | log2FC | p_value |
|---|---|---|
| Gene A | 2.4 | 0.001 |
| Gene B | 1.3 | 0.018 |
| Gene C | 0.2 | 0.62 |
| Gene D | -1.5 | 0.009 |
| Gene E | -2.1 | 0.0004 |
可调整参数与出图检查
- log2FC 列
- 显著性来源
- 显著性列
- 标签列
- 分组列
- 点大小列
- 如果有 adjusted p-value，优先使用校正后的显著性结果。
- 绘图前确认 p-value 为正数。
- 点数较多时，不建议给所有点都显示标签。
- 需要解释筛选标准时，应保留清晰的阈值线。
- 配色应兼顾屏幕显示、打印和色觉差异。